L’école Mlf-Bouygues de Cuba est une école du réseau de la Mission laïque française. Les élèves sont scolarisés dans le cadre du système scolaire français, tout en intégrant les réalités locales. L’objectif de l’équipe pédagogique est de permettre à chaque élève de suivre une scolarité similaire à celle qui lui serait offerte en France.

En primaire les cours se font « en direct » (accréditation de la Mlf) comme dans toutes les écoles primaires du système scolaire français. Dans le secondaire des enseignants assurent la répétition des cours du CNED. Une convention signée avec le CNED permet à des enseignants du collège et du lycée de noter des devoirs qui ne sont pas envoyés au CNED pour être corrigés.

Le fonctionnement de l’École est conforme aux instructions du Ministère de l’Éducation nationale et de la Mlf : volumes horaires règlementaires, élections des représentants des parents d’élèves, conseils d’établissement, rencontres parents-professeurs fréquentes, règlement intérieur, conseils de cycles, conseils des maîtres, conseils de classe, conseils école-collège, activités périscolaires, enseignement de l’espagnol et de l’anglais dès la maternelle, voyages et sorties scolaires, préparation des élèves aux épreuves du Diplôme national du brevet des collèges et aux épreuves du baccalauréat. Le calendrier scolaire est celui du Lycée français de La Havane et ce calendrier scolaire est validé par le Ministère de l’Éducation nationale.